包皮龟头炎的病因，由于感染和非感染引起。由于不洁性交，感染了白色念珠菌、滴虫、衣原体、支原体及淋病双球菌，都可引起包皮龟头炎。非感染因素多是由于包皮过长，清洁不够，包皮和龟头之间的不洁之物，即包皮垢，便会堆积起来，刺激局部的包皮和粘膜发生炎。
引起包皮龟头炎的病因有哪些?泌尿科医生称，包皮龟头炎可以粗分为外伤性、接触性、药物性及感染性等四大类，就外伤性而言，多半是因为外伤打到、拉链夹到、性交时弄伤，这时候包皮可能相当红肿、疼痛，如果是因为寄生虫感染阴茎而抓伤时，会合并搔痒的感觉，接触性包皮发炎主要是发生在使用局部杀菌剂或软膏类药品所引起。
药物所引起的包皮龟头炎常常会有搔痒、灼热感，而且引发感染的部位不像感染性包皮龟头炎那么大面积，而是呈单一或是一小片很表浅类似擦伤，且界限明显，较重要的是有先服用过某种药，其中较常见引起这种发炎的是四环素。
感染性包皮龟头炎是较常见的包皮龟头炎，引起这类感染的致病原有细菌、霉菌或寄生虫等，霉菌中较常引起的是白色念珠菌，除了包皮或龟头有红肿外，有时可见到小而不规则，呈糜烂型的小白斑覆盖在龟头表面，而阴道滴虫(寄生虫)所引起的包皮龟头炎通常是呈溃疡状的，还有一种糜烂型龟头炎是因细菌感染，好发于包茎的病患，通常会有恶臭的分泌物，龟头表面会呈现许多小小圆圆且表浅性的糜烂。
梅毒也同样会引起龟头炎，但通常是在下疳形成之后才会在龟头上出现白色融合的表面且龟头会呈现水肿，它与一般感染性包皮龟头炎，整个龟头呈现红肿，有臭味及分泌物并不相同，如果怀疑是因梅毒螺旋体引发，可以作血液检验查查看梅毒血清反应及凝集试验，来区别是梅毒或一般细菌或其它感染性的包皮龟头炎。
