在临床中能够引起肛周脓肿的病因很多，不过在临床统计中引起肛周脓肿疾病发生的较主要的还是以下几个方面的原因：
1.感染性因素
现代医学认为，感染是引起肛周脓肿的主要原因。
2.医源性因素
临床上属医源性引起的肛门直肠周围肛周脓肿也不少见。如因操作不当或药剂不洁感染形成黏膜下脓肿;直肠周围注射化学药物刺激，引起组织坏死，造成直肠周围肛周脓肿;乙状结肠镜检查，造成腹膜穿孔感染，引起直肠后间隙脓肿等。
3.手术后因素
临床上亦可见到肛门直肠手术引起感染，而形成的直肠周围肛周脓肿，以及尿道术后感染、会阴部术后感染、产后会阴破裂缝合后感染、尾骶骨骨髓炎术后感染等引起的肛周脓肿。
4.其他
直肠内异物损伤后感染，放线菌病，直肠憩室炎感染，肛管直肠癌破溃或波及深部的感染，及身体虚弱，抵抗力低下，或患有慢性消耗性疾病，或营养不良，都是肛门直肠周围肛周脓肿的发病原因。
